El 20 de mayo de 1945 fue la primera vez que Lorenzo se vistió con los colores azul y oro.

Cada 20 de mayo, se conmemora el aniversario del debut del histórico Juan Carlos “Toto” Lorenzo con la camiseta de Boca Juniors, el mismo fue en la victoria por 5 a 3 ante Chacarita, su anterior club, en el estadio de Ferrocarril Oeste por la fecha 5 del campeonato local del año 1945. En ese encuentro, Lorenzo convirtió el tercer gol del Xeneize.
Como jugador, solo jugó dos años en el club (hasta 1947) y ganó tres copas que de la época que a la fecha son inexistentes. Una fue la Copa de Competencia Británica dónde derrotó a San Lorenzo 3-1 en 1946 y la otra, la Copa de Confraternidad Escobar-Gerona, ganada consecutivamente en el 45 y 1946 ante Nacional y Peñarol de Uruguay. En total, solamente disputó 31 partidos y convirtió 9 goles.
Luego, en 1976, el Toto regresó al conjunto de La Ribera pero esta vez para dirigirlo y llevarlo a la gloria máxima. En esta etapa, que duró hasta 1979, el ahora entrenador encaminó al grupo a obtener dos bicampeonatos, el primero fue en el plano nacional dónde obtuvo el Torneo Metropolitano del 76 y el Torneo Nacional del mismo año, y el segundo fue a nivel internacional, consiguiendo las primeras Copas Libertadores de Boca en 1977 y 1978.

Además, se adueño de la Copa Intercontinental del 77 tras vencer al Borussia Mönchengladbach de visitante. Cuando todavía las ediciones entre europeos y sudamericanos eran a dos partidos, el equipo azul y oro empató 2-2 en el encuentro de ida disputado en La Bombonera, y en la vuelta goleó 3-0 a los alemanes. La Intercontinental del 78 no se llevó a cabo debido a los problemas de calendario que tenía el Liverpool de Inglaterra.
Por último, tuvo una segunda vuelta como técnico en el año 1987, en reemplazo de Roberto Saporiti, pero no pudo sacar adelante al plantel que tuvo una irregular campaña y decidió dar un paso al costado después de perder 8 cotejos de 14.
