Un 2 de julio de 2003 el Xeneize conquistaba su quinto trofeo continental tras derrotar a Santos en el Morumbí con el histórico Carlos Bianchi como director técnico.
Boca Juniors, que había conseguido el bicampeonato de América entre el 2000 y 2001, venía de ser eliminado en cuartos de final de manera sorpresiva ante Olimpia de Paraguay en la edición anterior por lo que buscarían reivindicarse en la Copa Libertadores 2003 con nuevas figuras en el equipo con respecto a la última conquista, como el arquero Roberto Abbondanzieri, Rolando Schiavi, Raúl Cascini, Carlos Tevez, entre otros y mientras que la baja más importante fue la de Juan Román Riquelme, recientemente traspasado al Barcelona de España.
Tras compartir la fase de grupos con Independiente de Medellín, Barcelona de Ecuador y Colo Colo, avanzó a octavos de final con tres victorias, dos empates y una derrota sufrida ante el DIM en La Bombonera por 4 a 2. Ya en octavos, sufrió un traspié inesperado ante Paysandú luego de caer por 1 a 0 como locales con el gol del brasileño Pedro Iarley, quién pasó a vestir los colores azul y oro meses después, pero en la vuelta los boquenses fueron una aplanadora y se clasificaron por el triunfo 4 a 2.
Ya en cuartos de final, los Xeneizes se toparon con Cobreloa de Chile, a quiénes enfrentaron en dos ocasiones en la fase de grupos de la Copa Libertadores 2001 obtenida por el club argentino, y en esta ocasión el equipo de El Virrey con el triunfo por 2 a 1 en la ida, y el mismo resultado en la revancha, se aseguró un lugar entre los mejores cuatro de la competencia. En semifinales enfrentó a América de Cali, que venía de golear y eliminar a River Plate con un global de 5 a 3, pero a pesar de esto Boca se impuso con un impresionante 6 a 0 en el resultado total por el 2 a 0 conseguido en la ida y la goleada por cuatro como visitantes.
En la definición por el título los Boquenses tuvieron en frente a Santos de Brasil, quiénes iban por la conquista de su tercera Libertadores mientras que Boca iba en búsqueda de la quinta y también tercera en el catálogo personal de Carlos Bianchi. El plantel de Boca Juniors finalmente se coronó como campeón de América tras vencer por 2 a 0 en Buenos Aires con un doblete de Marcelo Delgado mientras que la revancha en Brasil convirtieron Carlos Tevez, Marcelo Delgado nuevamente y Rolando Schiavi para sella el triunfo por 3 a 1
La conquista del continente llevó al Xeneize a disputar la Copa Intercontinental ante el AC Milán de Italia y, contra todo pronóstico, terminarían llevándose la victoria por penales los dirigidos por Bianchi para trepar a lo más alto del mundo.
