El joven enganche cordobés, sin lugar en el primer equipo, fue cedido a préstamo por un año al fútbol mexicano.

El conjunto Xeneize se mantuvo muy activo en este último mercado de pases con las numerosas salidas de futbolistas de su plantilla por diferentes motivos así como también consiguió incorporar refuerzos en zonas importantes del campo de juego. En esta ocasión se oficializó la ida del mediocampista ofensivo surgido en Instituto de Córdoba: Gonzalo Maroni, quién jugará en Atlas de México por un año con opción a ser adquirido a cambio de tres millones de dólares.
A pesar de lograr buenas actuaciones al tener la oportunidad de sumar algunos minutos, Maroni no se encontraba en la consideración del entrenador Miguel Ángel Russo para la actual temporada y por ese motivo desde la dirigencia decidieron aceptar la propuesta de los Rojinegros sumándose así a las salidas de Esteban Andrada, Leonardo Jara, Julio Buffarini, Emmanuel Mas, Nicolás Capaldo, Mauro Zárate, Carlos Tevez y Franco Soldano.

El volante de 22 años llegó a Boca Juniors en 2017 proveniente de Instituto y, desde entonces, fue cedido en dos ocasiones: primero pasó por Talleres de Córdoba, y luego de regresar al Xeneize fue envíado en otra cesión al Sampdoría de Italia.
Con la camiseta boquense disputó un total de 33 encuentros y convirtió 5 goles, añadiéndole la obtención de tres títulos a su palmarés (Torneo Argentino 2016/17, Superliga Argentina 2017/18 y la Copa de la Liga Profesional 2020).
